Программа Subtitle Edit, очень легкая и простая. Там и делаются субтитры (на ютубе полно роликов обучалок, но за 5 минут использования все станет понятно интуитивно). Из программы выгружаешь готовые субтитры.
На самом youtube заливаешь видео, и после загрузки, добавляешь и субтитры к нему (при редактировании видео есть вкладка "добавить субтитры")